CRAN Package Check Results for Package ashr

Last updated on 2019-10-18 12:47:32 CEST.

Flavor Version Tinstall Tcheck Ttotal Status Flags
r-devel-linux-x86_64-debian-clang 2.2-32 30.23 113.71 143.94 ERROR
r-devel-linux-x86_64-debian-gcc 2.2-39 22.76 112.62 135.38 OK
r-devel-linux-x86_64-fedora-clang 2.2-39 132.89 OK
r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc 2.2-39 128.87 OK
r-devel-windows-ix86+x86_64 2.2-39 41.00 366.00 407.00 OK
r-patched-linux-x86_64 2.2-32 22.30 115.31 137.61 OK
r-patched-solaris-x86 2.2-39 614.60 NOTE
r-release-linux-x86_64 2.2-32 24.36 112.36 136.72 OK
r-release-windows-ix86+x86_64 2.2-32 48.00 239.00 287.00 NOTE
r-release-osx-x86_64 2.2-32 OK
r-oldrel-windows-ix86+x86_64 2.2-32 39.00 172.00 211.00 NOTE
r-oldrel-osx-x86_64 2.2-32 NOTE

Check Details

Version: 2.2-32
Check: tests
Result: ERROR
     Running 'testthat.R' [31s/34s]
    Running the tests in 'tests/testthat.R' failed.
    Complete output:
     > library(testthat)
     > library(ashr)
     > context("ashr")
     > test_check("ashr")
     -- 1. Error: lik_binom (identity link) fittced g is close to true g (@test_binom
     Argument "control" contains unknown parameter names
     1: ash(rep(0, length(x)), 1, lik = lik_binom(x, n), g = trueg, control = list(delta = 0,
     maxiter.sqp = 40, verbose = TRUE)) at testthat/test_binom.R:11
     2: utils::modifyList(ash.workhorse(betahat, sebetahat, mixcompdist = mixcompdist, df = df,
     ...), list(call = match.call()))
     3: stopifnot(is.list(x), is.list(val))
     4: ash.workhorse(betahat, sebetahat, mixcompdist = mixcompdist, df = df, ...)
     5: estimate_mixprop(data, g, prior, optmethod = optmethod, control = control, weights = weights)
     6: do.call(optmethod, args = list(matrix_lik = matrix_lik, prior = prior, pi_init = pi_init,
     control = control, weights = weights))
     7: mixSQP(matrix_lik = structure(c(1, 0.574547167410069, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 0.876184430300349, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 0.361408702080533, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.361408702080534, 1, 1, 1, 0.217992550461301,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.876184430300349,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.217992550461301, 1,
     0.876184430300349, 1, 1, 1, 1, 0.126026943235521, 1, 1, 1, 0.361408702080533, 1,
     1, 0.00422752987642268, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.574547167410069, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.574547167410069, 0.361408702080534, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.574547167410069, 1, 1, 0.361408702080534,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.574547167410069, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.574547167410069, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.0697995377922077,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.574547167410069, 0.361408702080533, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.876184430300349, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.574547167410069, 0.876184430300349, 1,
     1, 1, 1, 1, 0.574547167410069, 0.217992550461301, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 0.574547167410069, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.361408702080533,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.217992550461301, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 0.574547167410069, 0.574547167410069, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.0370149064055509, 0.217992550461301,
     1, 1.96462027567677e-09, 0.00187219181364174, 8.77622096635035e-11, 8.77622096635035e-11,
     1, 1, 1.68761376798335e-11, 4.45909390204688e-05, 0.000122212071763542, 0.00079106698215004,
     1, 4.45909390204688e-05, 1, 0.361408702080533, 3.83372906685534e-17, 0.00079106698215004,
     0.00422752987642268, 1.9358219403166e-15, 5.08500394006133e-06, 0.876184430300349,
     1.54582460757192e-05, 1.54582460757192e-05, 0.361408702080534, 5.17505773711943e-18,
     0.126026943235521, 5.08500394006133e-06, 0.217992550461301, 1, 0.0697995377922077,
     1, 0.00079106698215004, 1.58498599900493e-06, 0.126026943235521, 0.00079106698215004,
     5.2173288344387e-13, 0.00079106698215004, 1, 1.96462027567677e-09, 0.217992550461301,
     1.301939551775e-07, 1, 1, 4.67408259501945e-07, 3.05376150191747e-12, 1, 0.000318624229297098,
     0.126026943235521, 1, 1.96462027567677e-09, 1, 0.0091156112827512, 5.2173288344387e-13,
     8.77622096635035e-11, 0.00187219181364174, 1, 0.126026943235521, 1, 1.301939551775e-07,
     0.0091156112827512, 1, 0.0370149064055509, 0.217992550461301, 4.45909390204688e-05,
     1, 0.0370149064055509, 3.41951785459683e-08, 4.28622662082936e-10, 0.0187836838490064,
     0.000122212071763542, 0.361408702080534, 0.126026943235521, 0.361408702080534, 8.77622096635035e-11,
     8.45437805454847e-14, 0.126026943235521, 3.41951785459684e-08, 8.77622096635035e-11,
     1, 0.00422752987642268, 0.361408702080534, 1, 4.45909390204688e-05, 5.08500394006133e-06,
     0.000318624229297098, 1.301939551775e-07, 5.08500394006133e-06, 0.00079106698215004,
     0.00187219181364174, 1.30635107460427e-14, 0.126026943235521, 8.77622096635035e-11,
     3.41951785459684e-08, 1.54582460757192e-05, 0.361408702080534, 1, 1.54582460757192e-05,
     1, 0.0370149064055509, 0.361408702080534, 0.00422752987642268, 1.68761376798335e-11,
     0.0697995377922077, 4.45909390204688e-05, 5.2173288344387e-13, 1, 4.67408259501945e-07,
     1, 5.2173288344387e-13, 0.0187836838490064, 0.126026943235521, 1, 1.301939551775e-07,
     1.9358219403166e-15, 0.0091156112827512, 3.41951785459683e-08, 1, 0.0697995377922077,
     8.45437805454847e-14, 1, 1, 1.54582460757192e-05, 1.54582460757192e-05, 1, 1, 0.00187219181364174,
     5.08500394006133e-06, 1, 1, 8.77622096635035e-11, 1.9358219403166e-15, 0.0187836838490064,
     1.68761376798335e-11, 0.876184430300349, 1, 1, 2.76665341947565e-16, 1, 0.000318624229297098,
     1, 4.45909390204688e-05, 0.0091156112827512, 0.574547167410069, 0.876184430300349,
     3.41951785459683e-08, 0.00187219181364174, 5.2173288344387e-13, 5.08500394006133e-06,
     0.00422752987642268, 1, 0.0697995377922077, 1, 1, 8.45437420214117e-09, 1, 8.77622096635035e-11,
     0.361408702080534, 1.54582460757192e-05, 0.00187219181364174, 8.45437420214117e-09,
     1, 0.00422752987642268, 8.45437420214117e-09, 1, 2.76665341947565e-16, 0.000122212071763542,
     0.217992550461301, 1, 1, 1.301939551775e-07, 1.301939551775e-07, 1, 0.0091156112827512,
     3.41951785459684e-08, 0.126026943235521, 1.58498599900493e-06, 0.217992550461301,
     4.28622662082936e-10, 0.0370149064055509, 0.00187219181364174, 3.05376150191746e-12,
     1, 5.2173288344387e-13, 1.58498599900493e-06, 0.0187836838490064, 0.0091156112827512,
     5.2173288344387e-13, 1, 4.45909390204688e-05, 0.0091156112827512, 3.05376150191747e-12,
     8.45437805454847e-14, 1, 0.126026943235521, 1.30635107460427e-14, 1.58498599900493e-06,
     0.00079106698215004, 0.00187219181364174, 0.0091156112827512, 0.00422752987642268,
     1, 0.0370149064055509, 0.000122212071763542, 1, 1, 8.45437420214117e-09, 0.0370149064055509,
     0.00422752987642268, 8.45437805454847e-14, 1.68761376798335e-11, 1.54582460757192e-05,
     2.76665341947565e-16, 1.96462027567677e-09, 0.0091156112827512, 0.0187836838490064,
     8.77622096635035e-11, 6.83299605898425e-19, 0.00187219181364174, 0.574547167410069,
     4.28622662082936e-10, 0.0697995377922077, 1, 1.301939551775e-07, 1, 0.0187836838490064,
     3.41951785459683e-08, 1, 1.54582460757192e-05, 1, 4.67408259501945e-07, 1, 0.361408702080533,
     1, 0.0697995377922077, 0.217992550461301, 0.876184430300349, 1, 1, 0.361408702080534,
     1, 8.77622096635035e-11, 0.0091156112827512, 1, 0.00079106698215004, 1, 1.68761376798335e-11,
     1, 3.83372906685534e-17, 0.000318624229297098, 1.58498599900493e-06, 1, 1, 1, 1.58498599900493e-06,
     0.00079106698215004, 1, 1, 4.28622662082936e-10, 1, 0.0187836838490064, 0.000122212071763542,
     1.54582460757192e-05, 0.0091156112827512, 3.41951785459683e-08, 3.41951785459683e-08,
     0.000318624229297098, 1, 5.08500394006133e-06, 4.28622662082936e-10, 8.77622096635035e-11,
     0.574547167410069, 3.41951785459683e-08, 4.45909390204688e-05, 1.58498599900493e-06,
     0.126026943235521, 0.0091156112827512, 1, 5.08500394006133e-06, 8.77622096635035e-11,
     1, 1.58498599900493e-06, 0.0370149064055509, 2.76665341947565e-16, 3.41951785459683e-08,
     1, 0.0091156112827512, 5.08500394006133e-06, 0.217992550461301, 3.41951785459683e-08,
     1.301939551775e-07, 1.30635107460427e-14, 0.00422752987642268, 1, 1, 8.45437420214117e-09,
     4.28622662082936e-10, 1.96462027567677e-09, 4.28622662082936e-10, 0.00422752987642268,
     1.68761376798335e-11, 1, 1, 0.876184430300349, 8.45437805454847e-14, 1.54582460757192e-05,
     1.301939551775e-07, 3.41951785459683e-08, 0.876184430300349, 1.58498599900493e-06,
     3.41951785459683e-08, 1.58498599900493e-06, 0.0091156112827512, 0.0187836838490064,
     1, 8.45437420214117e-09, 0.0697995377922077, 1.9358219403166e-15, 1, 0.0187836838490064,
     0.0697995377922077, 0.0370149064055509, 3.05376150191746e-12, 1.96462027567677e-09,
     2.76665341947565e-16, 4.67408259501945e-07, 0.0091156112827512, 1.301939551775e-07,
     1.54582460757192e-05, 5.2173288344387e-13, 0.00187219181364174, 1, 1.58498599900493e-06,
     3.41951785459683e-08, 0.361408702080534, 1, 3.05376150191747e-12, 1, 1.9358219403166e-15,
     3.83372906685534e-17, 1.301939551775e-07, 1, 0.00079106698215004, 1, 0.0091156112827512,
     1, 4.67408259501945e-07, 1, 0.0091156112827512, 1, 3.41951785459683e-08, 4.67408259501945e-07,
     1, 2.76665341947565e-16, 4.67408259501945e-07, 3.41951785459684e-08, 5.2173288344387e-13,
     1.58498599900493e-06, 1, 4.67408259501945e-07, 0.876184430300349, 3.41951785459684e-08,
     0.00187219181364174, 1, 5.08500394006133e-06, 1.58498599900493e-06, 0.126026943235521,
     0.00422752987642268, 1, 0.574547167410069, 1, 4.67408259501945e-07, 0.00422752987642268,
     1.54582460757192e-05, 1, 0.876184430300349, 1.96462027567677e-09, 1.58498599900493e-06,
     1, 1, 0.876184430300349, 0.0187836838490064, 3.83372906685534e-17, 0.0187836838490064,
     0.00187219181364174, 0.000122212071763542, 0.000318624229297098, 1.58498599900493e-06,
     3.83372906685534e-17, 1.301939551775e-07, 3.41951785459683e-08, 8.45437420214117e-09,
     1, 1.301939551775e-07, 0.217992550461301, 0.0697995377922077, 0.0370149064055509,
     1, 4.67408259501945e-07, 0.217992550461301, 4.67408259501945e-07, 1.30635107460427e-14,
     1.9358219403166e-15, 3.41951785459684e-08, 0.00422752987642268, 1, 4.45909390204688e-05,
     2.76665341947565e-16, 4.28622662082936e-10, 1.30635107460427e-14, 0.574547167410069,
     0.0091156112827512, 0.0697995377922077, 0.0187836838490064, 1, 1, 0.0370149064055509,
     0.217992550461301, 4.67408259501945e-07, 1, 1, 0.217992550461301, 1.301939551775e-07,
     1, 0.000318624229297098, 4.28622662082936e-10, 1.68761376798335e-11, 1.301939551775e-07,
     1.301939551775e-07, 4.28622662082936e-10, 4.67408259501945e-07, 1, 1, 1.58498599900493e-06,
     4.45909390204688e-05, 0.361408702080533, 8.45437420214117e-09, 1, 3.05376150191746e-12,
     1.301939551775e-07, 0.0697995377922077, 0.126026943235521, 0.126026943235521, 0.00079106698215004,
     1, 1, 5.2173288344387e-13, 5.08500394006133e-06, 5.2173288344387e-13, 1.301939551775e-07,
     1, 0.217992550461301, 0.000318624229297098, 4.67408259501945e-07, 1, 1, 1.30635107460427e-14,
     0.217992550461301, 3.05376150191747e-12, 4.28622662082936e-10, 1, 6.8329960589842e-19,
     1, 1, 4.67408259501945e-07, 0.217992550461301, 1.58498599900493e-06, 1, 0.126026943235521,
     1, 4.67408259501945e-07, 1, 1, 4.67408259501945e-07, 0.126026943235521, 1.58498599900493e-06,
     1, 1, 0.0370149064055509, 0.00422752987642268, 8.77622096635035e-11, 0.0370149064055509,
     1.9358219403166e-15, 1, 1, 0.00079106698215004, 5.2173288344387e-13, 4.67408259501945e-07,
     1.96462027567677e-09, 5.2173288344387e-13, 1.301939551775e-07, 0.217992550461301,
     1.301939551775e-07, 1, 1, 1, 1, 1.54582460757192e-05, 2.76665341947565e-16, 0.155501397300184,
     1, 0.317725913027847, 0.185855904752761, 0.158611425246188, 0.255315465825948, 0.158611425246188,
     0.779896685791474, 0.168322328832689, 0.213536571418066, 0.168322328832689, 0.213536571418066,
     0.168322328832689, 0.158611425246188, 0.185855904752761, 1, 0.41159947824062, 0.255315465825948,
     0.158611425246188, 0.155501397300184, 0.158611425246188, 0.185855904752761, 0.158611425246188,
     0.213536571418066, 0.41159947824062, 0.168322328832689, 0.155501397300184, 0.168322328832689,
     0.185855904752761, 0.213536571418066, 0.41159947824062, 0.185855904752761, 0.213536571418066,
     0.185855904752761, 1, 0.155501397300184, 0.158611425246188, 0.555180691580371, 0.255315465825948,
     0.158611425246188, 0.158611425246188, 1, 0.158611425246188, 0.555180691580371, 0.158611425246188,
     1, 0.317725913027847, 0.41159947824062, 0.185855904752761, 0.213536571418066, 0.158611425246188,
     0.155501397300184, 0.213536571418066, 0.168322328832689, 0.158611425246188, 0.41159947824062,
     0.317725913027847, 0.317725913027847, 0.185855904752761, 0.168322328832689, 0.213536571418066,
     0.555180691580371, 0.185855904752761, 0.185855904752761, 0.317725913027847, 0.779896685791474,
     0.185855904752761, 1, 0.213536571418066, 0.255315465825948, 0.158611425246188, 0.158611425246188,
     0.255315465825948, 0.168322328832689, 0.158611425246188, 0.555180691580371, 0.213536571418066,
     0.185855904752761, 0.168322328832689, 0.158611425246188, 0.168322328832689, 0.168322328832689,
     0.158611425246188, 0.185855904752761, 0.213536571418066, 0.41159947824062, 0.317725913027847,
     0.255315465825948, 1, 0.168322328832689, 1, 0.555180691580371, 0.317725913027847,
     0.255315465825948, 0.185855904752761, 1, 0.158611425246188, 0.555180691580371, 0.185855904752761,
     1, 0.155501397300184, 0.317725913027847, 1, 0.158611425246188, 0.158611425246188,
     0.317725913027847, 0.185855904752761, 0.158611425246188, 0.185855904752761, 0.168322328832689,
     0.168322328832689, 0.158611425246188, 0.155501397300184, 0.185855904752761, 0.317725913027847,
     1, 0.155501397300184, 0.255315465825948, 0.779896685791474, 0.41159947824062, 0.213536571418066,
     0.158611425246188, 0.185855904752761, 0.168322328832689, 0.168322328832689, 0.168322328832689,
     0.185855904752761, 0.155501397300184, 0.41159947824062, 0.41159947824062, 0.158611425246188,
     0.168322328832689, 0.779896685791474, 0.185855904752761, 0.158611425246188, 0.168322328832689,
     0.255315465825948, 0.185855904752761, 0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.213536571418066,
     0.155501397300184, 0.158611425246188, 0.168322328832689, 0.185855904752761, 0.185855904752761,
     0.168322328832689, 0.779896685791474, 0.185855904752761, 0.317725913027847, 0.168322328832689,
     1, 1, 0.213536571418066, 0.185855904752761, 0.555180691580371, 0.155501397300184,
     0.185855904752761, 0.41159947824062, 0.185855904752761, 0.185855904752761, 0.213536571418066,
     0.158611425246188, 0.155501397300184, 0.168322328832689, 0.255315465825948, 0.158611425246188,
     0.158611425246188, 0.255315465825948, 0.158611425246188, 0.158611425246188, 0.213536571418066,
     0.158611425246188, 0.158611425246188, 0.168322328832689, 1, 0.41159947824062, 0.155501397300184,
     1, 0.155501397300184, 0.41159947824062, 0.213536571418066, 0.185855904752761, 0.317725913027847,
     0.155501397300184, 0.168322328832689, 0.168322328832689, 0.185855904752761, 0.155501397300184,
     0.185855904752761, 0.213536571418066, 0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.213536571418066,
     0.317725913027847, 0.255315465825948, 1, 0.213536571418066, 0.185855904752761, 0.213536571418066,
     0.185855904752761, 0.158611425246188, 0.317725913027847, 0.168322328832689, 0.213536571418066,
     0.41159947824062, 0.185855904752761, 0.185855904752761, 1, 0.168322328832689, 0.317725913027847,
     0.155501397300184, 0.158611425246188, 0.255315465825948, 0.158611425246188, 0.168322328832689,
     1, 0.213536571418066, 0.41159947824062, 0.158611425246188, 0.158611425246188, 0.317725913027847,
     0.213536571418066, 0.317725913027847, 0.555180691580371, 0.158611425246188, 0.158611425246188,
     0.158611425246188, 0.213536571418066, 1, 1, 0.158611425246188, 0.213536571418066,
     0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.213536571418066, 0.255315465825948, 0.168322328832689,
     0.155501397300184, 0.168322328832689, 0.168322328832689, 0.213536571418066, 0.158611425246188,
     1, 0.185855904752761, 0.213536571418066, 0.158611425246188, 0.155501397300184, 0.185855904752761,
     0.213536571418066, 0.255315465825948, 0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.41159947824062,
     0.41159947824062, 0.213536571418066, 0.168322328832689, 0.185855904752761, 0.168322328832689,
     0.779896685791474, 0.213536571418066, 0.168322328832689, 0.317725913027847, 0.185855904752761,
     0.213536571418066, 0.155501397300184, 0.158611425246188, 0.168322328832689, 0.158611425246188,
     0.213536571418066, 0.255315465825948, 0.158611425246188, 0.255315465825948, 0.158611425246188,
     0.41159947824062, 0.41159947824062, 0.317725913027847, 0.213536571418066, 0.185855904752761,
     0.41159947824062, 0.255315465825948, 0.213536571418066, 0.779896685791474, 0.185855904752761,
     0.213536571418066, 0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.158611425246188, 0.555180691580371,
     0.168322328832689, 0.168322328832689, 0.317725913027847, 0.155501397300184, 0.185855904752761,
     0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.158611425246188, 0.155501397300184, 0.158611425246188,
     0.155501397300184, 0.185855904752761, 0.255315465825948, 0.779896685791474, 0.168322328832689,
     0.185855904752761, 0.213536571418066, 0.168322328832689, 0.255315465825948, 0.168322328832689,
     0.779896685791474, 0.168322328832689, 0.555180691580371, 0.168322328832689, 0.185855904752761,
     0.213536571418066, 0.555180691580371, 0.185855904752761, 0.158611425246188, 0.158611425246188,
     0.41159947824062, 0.158611425246188, 0.168322328832689, 0.213536571418066, 0.168322328832689,
     1, 1, 0.555180691580371, 0.168322328832689, 0.155501397300184, 0.41159947824062,
     0.213536571418066, 1, 1, 0.168322328832689, 0.555180691580371, 0.185855904752761,
     0.255315465825948, 0.255315465825948, 0.317725913027847, 0.168322328832689, 0.158611425246188,
     0.168322328832689, 0.41159947824062, 0.155501397300184, 0.213536571418066, 0.158611425246188,
     0.41159947824062, 0.213536571418066, 1, 0.155501397300184, 0.168322328832689, 0.213536571418066,
     0.155501397300184, 0.168322328832689, 0.779896685791474, 0.317725913027847, 0.158611425246188,
     0.158611425246188, 0.185855904752761, 0.255315465825948, 0.555180691580371, 0.158611425246188,
     0.255315465825948, 0.158611425246188, 1, 0.213536571418066, 0.168322328832689, 0.41159947824062,
     0.41159947824062, 0.41159947824062, 0.168322328832689, 1, 0.168322328832689, 0.779896685791474,
     0.168322328832689, 0.185855904752761, 0.41159947824062, 0.185855904752761, 0.213536571418066,
     0.185855904752761, 0.185855904752761, 0.213536571418066, 0.41159947824062, 0.158611425246188,
     0.168322328832689, 0.168322328832689, 0.41159947824062, 0.555180691580371, 0.41159947824062,
     0.213536571418066, 0.168322328832689, 0.155501397300184, 0.255315465825948, 0.41159947824062,
     0.255315465825948, 0.555180691580371, 0.158611425246188, 0.317725913027847, 0.213536571418066,
     0.155501397300184, 0.158611425246188, 0.168322328832689, 0.41159947824062, 0.255315465825948,
     0.213536571418066, 0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.41159947824062, 0.158611425246188,
     0.158611425246188, 0.185855904752761, 0.779896685791474, 0.255315465825948, 0.168322328832689,
     0.41159947824062, 0.155501397300184, 0.168322328832689, 0.41159947824062, 0.158611425246188,
     0.317725913027847, 0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.158611425246188, 0.255315465825948,
     0.255315465825948, 0.168322328832689, 0.168322328832689, 0.255315465825948, 0.317725913027847,
     0.168322328832689, 0.317725913027847, 0.155501397300184, 0.158611425246188, 0.317725913027847,
     0.555180691580371, 0.213536571418066, 0.158611425246188, 0.168322328832689, 0.213536571418066,
     0.41159947824062, 0.155501397300184, 0.158611425246188, 1, 1, 0.158611425246188,
     0.185855904752761, 0.168322328832689, 0.185855904752761, 0.213536571418066, 0.185855904752761,
     0.168322328832689, 0.158611425246188, 0.185855904752761, 0.168322328832689, 0.317725913027847,
     0.213536571418066, 0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.185855904752761, 0.168322328832689,
     0.158611425246188, 0.213536571418066, 0.185855904752761, 0.158611425246188, 0.213536571418066,
     0.158611425246188, 0.168322328832689, 0.168322328832689, 0.213536571418066, 0.158611425246188,
     0.317725913027847, 0.317725913027847, 0.185855904752761, 0.158611425246188, 0.255315465825948,
     0.168322328832689, 0.213536571418066, 0.317725913027847, 0.185855904752761, 0.158611425246188,
     0.317725913027847, 0.317725913027847, 0.168322328832689, 0.317725913027847, 0.555180691580371,
     0.155501397300184, 0.168322328832689, 0.155501397300184, 0.213536571418066, 0.168322328832689,
     0.317725913027847, 0.158611425246188, 0.555180691580371, 0.255315465825948, 0.185855904752761,
     0.41159947824062, 0.185855904752761, 0.185855904752761, 0.168322328832689, 0.168322328832689,
     1, 1, 0.255315465825948, 1, 1, 1, 1, 0.41159947824062, 0.555180691580371, 1, 1, 1,
     1, 0.317725913027847, 1, 0.555180691580371, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 0.317725913027847, 1, 0.185855904752761, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.185855904752761,
     1, 1, 1, 0.155501397300184, 0.158611425246188, 1, 1, 0.41159947824062, 1, 1, 0.158611425246188,
     1, 0.213536571418066, 1, 1, 1, 1, 0.779896685791474, 1, 0.185855904752761, 1, 1,
     0.168322328832689, 1, 1, 1, 0.168322328832689, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 0.213536571418066, 1, 1, 0.41159947824062, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 0.779896685791474, 1, 0.41159947824062, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.779896685791474,
     1, 0.41159947824062, 1, 1, 1, 0.255315465825948, 1, 1, 1, 1, 0.168322328832689, 1,
     1, 0.41159947824062, 0.213536571418066, 1, 1, 0.168322328832689, 0.317725913027847,
     1, 1, 0.255315465825948, 0.255315465825948, 1, 1, 1, 1, 1, 0.155501397300184, 0.155501397300184,
     1, 0.255315465825948, 1, 0.555180691580371, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.213536571418066,
     1, 0.41159947824062, 0.155501397300184, 1, 0.41159947824062, 1, 1, 1, 1, 1, 0.168322328832689,
     1, 1, 0.779896685791474, 1, 1, 1, 0.555180691580371, 0.779896685791474, 1, 1, 0.255315465825948,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.255315465825948, 1, 1, 1, 1, 1, 0.168322328832689, 1,
     1, 1, 1, 0.555180691580371, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.158611425246188, 1, 1, 0.41159947824062,
     0.41159947824062, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.158611425246188,
     1, 0.213536571418066, 1, 1, 0.213536571418066, 1, 0.779896685791474, 1, 0.185855904752761,
     1, 0.41159947824062, 1, 1, 1, 0.213536571418066, 0.779896685791474, 1, 0.213536571418066,
     1, 1, 0.41159947824062, 1, 0.555180691580371, 1, 0.317725913027847, 1, 1, 1, 0.168322328832689,
     0.779896685791474, 0.317725913027847, 1, 1, 0.155501397300184, 0.555180691580371,
     1, 0.779896685791474, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.158611425246188, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 0.185855904752761, 1, 1, 0.213536571418066, 1, 1, 1, 1, 0.555180691580371,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.213536571418066, 0.41159947824062, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.158611425246188,
     0.158611425246188, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.185855904752761, 1, 1, 1, 0.779896685791474,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.317725913027847, 1, 1, 1, 0.555180691580371,
     1, 0.317725913027847, 1, 1, 1, 0.168322328832689, 1, 0.779896685791474, 1, 0.213536571418066,
     1, 0.213536571418066, 1, 0.255315465825948, 1, 1, 0.41159947824062, 1, 1, 1, 1, 1,
     0.317725913027847, 1, 1, 1, 1, 0.555180691580371, 1, 1, 1, 1, 0.255315465825948,
     1, 0.41159947824062, 1, 1, 1, 0.41159947824062, 1, 1, 1, 0.168322328832689, 0.555180691580371,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.168322328832689, 1, 1, 1, 1, 0.555180691580371,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.213536571418066, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.555180691580371,
     0.185855904752761, 1, 1, 1, 0.213536571418066, 0.158611425246188, 1, 1, 0.779896685791474,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.317725913027847, 0.555180691580371, 1, 1, 1, 1, 0.158611425246188,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.317725913027847, 0.317725913027847, 1, 1, 1, 1, 0.41159947824062,
     1, 1, 1, 0.779896685791474, 0.317725913027847, 1, 1, 1, 1, 0.213536571418066, 1,
     0.185855904752761, 0.779896685791474, 1, 1, 1, 0.255315465825948, 1, 0.555180691580371,
     1, 0.555180691580371, 0.168322328832689, 1, 1, 1, 0.779896685791474, 0.317725913027847,
     1, 1, 1, 1, 1, 0.555180691580371, 0.155501397300184, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0.158611425246188,
     0.213536571418066, 0.213536571418066, 0.317725913027847, 1, 1), .Dim = c(1000L, 2L
     )), prior = c(1, 1), pi_init = c(0.5, 0.5), control = list(delta = 0, maxiter.sqp = 40,
     verbose = TRUE), weights = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
     1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1))
     8: mixsqp::mixsqp(A, w, pi_init, control = control)
     9: stop("Argument \"control\" contains unknown parameter names")
    
     Running mix-SQP algorithm 0.2-2 on 1000 x 2 matrix
     convergence tol. (SQP): 1.0e-08
     conv. tol. (active-set): 1.0e-10
     zero threshold (solution): 1.0e-08
     zero thresh. (search dir.): 1.0e-15
     l.s. sufficient decrease: 1.0e-02
     step size reduction factor: 7.5e-01
     minimum step size: 1.0e-08
     max. iter (SQP): 1000
     max. iter (active-set): 3
     number of EM iterations: 4
     iter objective max(rdual) nnz stepsize max.diff nqp nls
     1 +6.765693580e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 3.22e-02 -- --
     2 +6.765650284e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 1.44e-03 -- --
     3 +6.765650203e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 6.19e-05 -- --
     4 +6.765650203e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 2.67e-06 -- --
     1 +6.765650203e-01 +2.149e-07 2 ------ ------ -- --
     2 +6.765650203e-01 +2.149e-09 2 9.90e-01 1.19e-07 2 1
     Convergence criteria met---optimal solution found.
     Running mix-SQP algorithm 0.2-2 on 1000 x 2 matrix
     convergence tol. (SQP): 1.0e-08
     conv. tol. (active-set): 1.0e-10
     zero threshold (solution): 1.0e-08
     zero thresh. (search dir.): 1.0e-15
     l.s. sufficient decrease: 1.0e-02
     step size reduction factor: 7.5e-01
     minimum step size: 1.0e-08
     max. iter (SQP): 1000
     max. iter (active-set): 3
     number of EM iterations: 4
     iter objective max(rdual) nnz stepsize max.diff nqp nls
     1 +3.611084382e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 6.34e-03 -- --
     2 +3.610392020e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 4.50e-03 -- --
     3 +3.610045335e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 3.19e-03 -- --
     4 +3.609872318e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 2.25e-03 -- --
     1 +3.609872318e-01 +3.077e-03 2 ------ ------ -- --
     2 +3.610040846e-01 +5.377e-05 2 9.90e-01 5.36e-03 2 1
     3 +3.609704598e-01 +5.412e-07 2 9.90e-01 5.21e-05 2 1
     4 +3.609701210e-01 +5.412e-09 2 9.90e-01 5.23e-07 2 1
     Convergence criteria met---optimal solution found.
     Running mix-SQP algorithm 0.2-2 on 1000 x 2 matrix
     convergence tol. (SQP): 1.0e-08
     conv. tol. (active-set): 1.0e-10
     zero threshold (solution): 1.0e-08
     zero thresh. (search dir.): 1.0e-15
     l.s. sufficient decrease: 1.0e-02
     step size reduction factor: 7.5e-01
     minimum step size: 1.0e-08
     max. iter (SQP): 1000
     max. iter (active-set): 3
     number of EM iterations: 4
     iter objective max(rdual) nnz stepsize max.diff nqp nls
     1 +1.828359101e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 2.33e-03 -- --
     2 +1.828167927e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 1.84e-03 -- --
     3 +1.828048034e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 1.45e-03 -- --
     4 +1.827972949e-01 -- EM -- 2 1.00e+00 1.15e-03 -- --
     1 +1.827972949e-01 +1.120e-03 2 ------ ------ -- --
     2 +1.828098406e-01 +5.966e-05 2 9.90e-01 4.33e-03 2 1
     3 +1.827850388e-01 +6.045e-07 2 9.90e-01 3.54e-05 2 1
     4 +1.827847888e-01 +6.046e-09 2 9.90e-01 3.60e-07 2 1
     Convergence criteria met---optimal solution found.
     == testthat results ===========================================================
     [ OK: 129 | SKIPPED: 2 | WARNINGS: 1 | FAILED: 1 ]
     1. Error: lik_binom (identity link) fittced g is close to true g (@test_binom.R#11)
    
     Error: testthat unit tests failed
     Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-clang

Version: 2.2-39
Check: package dependencies
Result: NOTE
    Package suggested but not available for checking: ‘REBayes’
Flavor: r-patched-solaris-x86

Version: 2.2-32
Check: package dependencies
Result: NOTE
    Package suggested but not available for checking: 'REBayes'
Flavors: r-release-windows-ix86+x86_64, r-oldrel-windows-ix86+x86_64, r-oldrel-osx-x86_64