Uses of Interface
org.biojava.bio.program.homologene.OrthoPairSet

Packages that use OrthoPairSet
org.biojava.bio.program.homologene Support classes for Homologene data. 
 

Uses of OrthoPairSet in org.biojava.bio.program.homologene
 

Classes in org.biojava.bio.program.homologene that implement OrthoPairSet
 class AbstractOrthoPairSet
          represents the Homologene Group.
 class SimpleOrthoPairSet
          a no-frills implementation of a Homologene Group
 

Methods in org.biojava.bio.program.homologene that return OrthoPairSet
 OrthoPairSet SimpleHomologeneDB.createOrthoPairSet()
           
 OrthoPairSet HomologeneDB.createOrthoPairSet()
          Create a Homologene Group.
 OrthoPairSet OrthoPairSet.filter(OrthoPairFilter filter)
          filter an OrthoPairSet
 OrthoPairSet AbstractOrthoPairSet.filter(OrthoPairFilter filter)
           
 OrthoPairSet SimpleOrthoPairCollection.Iterator.nextSet()
           
 OrthoPairSet OrthoPairCollection.Iterator.nextSet()
          returns the next OrthoPairSet
 

Methods in org.biojava.bio.program.homologene with parameters of type OrthoPairSet
 boolean OrthoPairSetFilter.accept(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairSetFilter.AcceptAll.accept(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairSetFilter.Not.accept(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairSetFilter.Or.accept(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairSetFilter.And.accept(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairSetFilter.Xor.accept(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairSetFilter.ByTaxon.accept(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairSetFilter.ByMinIdentity.accept(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairSetFilter.AllPairsInCollection.accept(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairSetFilter.SomePairsInCollection.accept(OrthoPairSet group)
           
 void SimpleOrthoPairCollection.add(OrthoPairSet group)
           
 void OrthoPairCollection.add(OrthoPairSet group)
           
abstract  void AbstractOrthoPairCollection.add(OrthoPairSet group)
           
 boolean SimpleOrthoPairCollection.contains(OrthoPairSet group)
           
 boolean OrthoPairCollection.contains(OrthoPairSet group)
           
abstract  boolean AbstractOrthoPairCollection.contains(OrthoPairSet group)