「メイクファイル」ウィザードの「ベースディレクトリを入力」ページでは、IDE が make コマンドを実行するディレクトリを指定します。単純なメイクファイルのテンプレートが選択された場合、ウィザードではこのページは表示されません。
たいていの場合、ベースディレクトリはメイクファイルとソースツリーの両方が存在する場所です。ベースディレクトリにメイクファイルを置き、別のディレクトリにソースファイルを置くこともできます。However, if you do so, you can execute the make command on the makefile from the IDE only if you set the Build Directory property of the makefile to the base directory