Por padrão, você não precisar compilar os arquivos manualmente a fim de executar o aplicativo no IDE. Os arquivos em um projeto Java padrão são compilados automaticamente quando você os salva.
Selecione o arquivo na janela Projetos, janela Arquivos ou Editor de código-fonte e escolha Executar > Compilar arquivo (F9).
Se você estiver usando um , será necessário um destino Ant para esse comando. O IDE oferece-se para gerar um destino na primeira vez que você escolhe o comando. No destino gerado, é necessário especificar o diretório em que colocar a classe compilada. Para isso, especifique um valor para a propriedade build.classes.dir no destino gerado. Por exemplo, talvez você adicione a linha seguinte à linha acima da entrada <target name="compile-selected-files-in-src">: